Mantiene grandes extensiones de bosque tropical donde árboles como el ceibo pueden fácilmente alcanzar más de 50 metros de altura. Hay zonas donde el agua reemplaza al suelo firme, los ríos se convierten de pronto en angostos canales, aparecen lagunas grandes y medianas, y la canoa es la única manera de movilizarse entre los árboles y la vegetación.

El área protegida más grande del Ecuador continental, resguarda una impresionante biodiversidad en el corazón del bosque húmedo tropical amazónico y protege parte del territorio de la nacionalidad waorani. En el Yasuní se han reportado cifras de biodiversidad sorprendentes para varios grupos de flora y fauna, nunca antes registradas en área protegida alguna.